بخشهای کلینیکی :
- اورژانس بیمارستان : که بصورت شبانه روزی آماده پذیرش بیماران چشمی ، گوش و حلق و بینی می باشد .
- اتاق عمل : با تعیین وقت قبلی طبق لیست پذیرش بیماران توسط اساتید مجرب دانشگاه خدمات تخصصی ارائه می گردد.
- بخش چشم ، گوش و حلق و بینی : بخش چشم 46 تخت فعال بخش گوش ، حلق و بینی 40 تخت فعال
- اتاق بهبودی
بخشهای پاراکلینیکی :
- آزمایشگاه
- رادیولوژی
- ادیومتری
- گفتار درمانی
- مرکز کاشت حلزون شنوایی
- نوار قلب
OCT و سونوگرافی
- اتاق معاینه قبل و بعد از عمل چشم
 
خدماتی که در مرکز آموزشی درمانی خلیلی توسط اساتید و پزشکان مجرب برای کلیه گروه های سنی (بزرگسالان و کودکان ) ارائه می گردد شامل موارد زیر می باشد :
 
- خدمات فوق تخصصی کاشت حلزون جهت بیماران ناشنوا و کم شنوا
- پیوند قرنیه
- عمل شبکیه چشم
- کلیه اعمال جراحی گوش ، حلق ، بینی
- اعمال جراحی چشم که عمده ترین آنها شامل آب مروارید ، آب سیاه ، پلاستیک چشم (ترمیم پلک ، مجرای اشکی و ... )
- اعمال جراحی سرطانهای صورت و گردن
خدمات اورژانس شامل‌:‌
- ویزیتهای چشم ، گوش ، حلق و بینی
- اعمال جراحی سرپایی شامل بخیه های چشم و صورت ، کنترل خون ریزیهای بینی ، فشار چشم ، جااندازی بینی ، بازکردن راه بینی
- خارج کردن جسم خارجی از چشم ، گوش ، حلق